一般纳税人企业增值税税负过高，主要有如下两个原因：
一是公司经营过程中因为所处行业的特点导致了公司取得的进项税较少。比如，一般纳税人公司为建筑业，我们知道，建筑业的进项比较少，税负比较重。由于建筑企业的上游构成比较复杂，其沙石料、土石方等建筑材料往往集中在私人手上，机械租赁发票和劳务发票等取得都很困难；还有提供建筑设计、鉴证咨询和工程管理等服务业执行的是6%的增值税税率等，这些因素都会导致建筑业的高税负，这也是行业特点决定的。
二是公司的运营管理出现了问题。有些公司会选择与增值税小规模纳税人合作，其目的是为了降低采购成本，小规模纳税人多数执行的是1%的征收率，且如果开具的是增值税普通发票是不能抵扣进项税的，即便是开具了1%的增值税专用发票，与可以抵扣13%进项税的一般纳税人增值税专用发票还是有差额的，而且差额不小。一般纳税人公司不能及时取得增值税专用发票，在某种程度上是内部运营管理导致的，有的公司老板甚至为了更低的采购价格选择不要发票，但实际公司损失也许会更大。
一般纳税人税负高应采取的措施：
一：不同税率的业务应该分别核算和管理。比如建筑行业：一般纳税人企业可以将税率较高的动产租赁与材料采购分开，一个是9%，一个是13%，如果在一起核算则需要从高计税，增加了企业的纳税成本。按照不同的税率进行分开核算，可以降低纳税成本。
二：供应商的选择和管理，有的企业为了所谓的降低采购成本，多选择与小规模纳税人合作，取得的是增值税普通发票或不开具发票，这种业务合作模式，即会增加企业的税收负担。
三：公司注册到园区里面去，公司设立的时候选择注册到园区，全国有一些地方园区为了招商引资，针对注册地址落户园区的公司有增值税和企业所得税的财政返还的政策，一般情况下能返地方留存部分的50%-80%左右，如果公司纳税高的还可以一企一议。兑现周期及时，都是按月兑现的。但是有的老板可能会说，我公司已经成立了，现在迁移很麻烦，其实可以把公司最赚钱的销售部独立出去，去园区成立子公司或者分公司，运用定价转移策略，把多的税收放在园区享受返税扶持。运用地方政策做节税筹划这是安全合法合规且还能够帮助公司大幅度降低税负的筹划方法。