一、有限合伙企业纳税问题的一般规定
根据《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》规定，合伙企业施行“先分后税”原则，对合伙企业本身不征税，只对投资人征税。投资人是自然人的，缴纳个人所得税;投资人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
有限合伙企业作为合伙企业的一种特殊形态，同样适用上述规定。因此，对于自然人投资者，《财政部、国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》指出，应比照“个体工商户的生产经营所得”，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税;而对于法人和其它组织，根据《企业所得税法》的规定，适用25%的企业所得税率。
二、合伙企业投资有限合伙企业的涉税问题
(一)合伙企业能否作为有限合伙企业的投资人?
根据《合伙企业法》第二条 “本法所称合伙企业，是指自然人、法人和其他组织依照本法在中国境内设立的普通合伙企业和有限合伙企业;……有限合伙企业由普通合伙人和有限合伙人组成，普通合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任，有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任”和第三条“国有独资公司、国有企业、上市公司以及公益性的事业单位、社会团体不得成为普通合伙人”之规定，有限合伙企业的投资人由普通合伙人和有限合伙人组成，其中有限合伙人可以是自然人、法人和其他组织;普通合伙人可以是自然人、法人(国有独资公司、国有企业、上市公司除外)和其他组织(公益性的事业单位、社会团体除外)。
虽然《合伙企业法》并未明确合伙企业属于“其他组织”，但是根据《民事诉讼法》第四十九条和最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》第四十条，“公民、法人和其他组织可以作为民事诉讼的当事人”，其中“民事诉讼法第四十九条规定的其他组织是指合法成立、有一定的组织机构和财产，但又不具备法人资格的组织，包括：依法登记领取营业执照的私营独资企业、合伙组织;……”由此可见，合伙企业作为“其他组织”可以成为有限合伙企业的投资人。实践中，工商行政部门作为合伙企业的登记机关，亦认可合伙企业作为有限合伙企业合伙人的组织架构。
(二)合伙企业投资有限合伙企业如何纳税?
根据现行税法及国家税务总局相关文件，包括《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》第二条“合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税;合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税”之规定，涉及有限合伙企业税收问题的，其文件仅明确了“合伙人为自然人”，以及“合伙人为法人和其他组织(该其他组织显然应为法人制的，否则无须缴纳企业所得税)”之情形，对于合伙人本身也为“合伙企业”的情况，律师尚未发现有专门的税法文件予以明确。但从合伙企业本身不作为其生产、经营所得的纳税义务人，而是采取“先分后税”并由其各合伙人分别纳税的操作原则和实践看，合伙企业从其所投资之有限合伙企业分配取得的所得，同样需采取“先分后税”的原则进行处理，其中合伙人为自然人的，缴纳个人所得税;而合伙人为法人的，则缴纳企业所得税。
关于合伙人为自然人时的个人所得税税率，是否能按照《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》第二条“个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按‘利息、股息、红利所得’应税项目计算缴纳个人所得税”之规定适用20%的税率缴纳个人所得税?关键在于判断合伙企业从其所投资之有限合伙企业分配取得的所得是否属于《个人所得税法实施条例》第八条“个人拥有债权、股权而取得的利息、股息、红利所得”的规定。笔者认为，虽然《合伙企业法》仅明确合伙人从其所投资之合伙企业分配取得的所得是基于合伙人在合伙企业的财产份额获得，但根据上海市《关于本市股权投资企业工商登记等事项的通知》第五条的规定，本市实际上已经将合伙人对合伙企业的财产份额视为“股权投资”，并对以有限合伙企业形式设立的股权投资企业和股权投资管理企业中自然人的税收采取了与天津、北京不同的甄别办法，即仅从判断属于“执行有限合伙企业合伙事务的自然人普通合伙人”还是“不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人”来区别不同的税率，并不考虑合伙企业本身所得的性质划分。
三、非居民企业投资有限合伙企业的涉税问题
(一) 适用税种
自2010年3月1日起，国务院发布的《外国企业或者个人在中国境内设立合伙企业管理办法》开始施行，外国企业或个人可以在中国境内设立合伙企业。根据国家工商行政管理总局《外商投资合伙企业登记管理规定》的规定，非居民企业既可以是普通合伙人，也可以是有限合伙人。根据以上分析可知，非居民企业作为有限合伙人取得的投资所得，同样适用企业所得税。
(二) 适用税率
根据《合伙企业法》第六十七条、第六十八条的规定，有限合伙企业由普通合伙人执行合伙事务。有限合伙人不执行合伙事务，不得对外代表有限合伙企业。因此，非居民企业作为有限合伙人，不存在委派代表或派出雇员执行合伙事务的可能。根据《中新税收协定解释》之解释，只有从事劳务活动的行为(包括执行合伙事务)才视为“常设机构”。因此，非居民企业作为有限合伙人，既不存在视为“常设机构”的可能，也无设立机构、场所的必要。
根据《企业所得税法》及其《实施条例》的规定，非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，其来源于中国境内的所得减按10%的税率征收企业所得税。
所以，非居民企业作为有限合伙人取得的所得，应当按照10%的税率缴纳企业所得税。
通过以上分析，我们可以发现：中国自然人投资于合伙企业，作为普通合伙人，按5%至35%的税率征税，作为有限合伙人，按20%的税率征税;中国法人企业投资于合伙企业，按25%的企业所得税率征税;而非居民企业投资于合伙企业，若作为非执行事务的合伙人(包括有限合伙人)，仅需按10%的预提所得税率征收企业所得税，若作为执行事务的合伙人，则需按25%的税率征收企业所得税;外籍个人投资于合伙企业，若作为有限合伙人，则其投资所得。笔者认为仍应适用免税规定;若作为执行事务的合伙人，则按5%至35%的税率缴纳个人所得税。
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