转录组是指生物体在特定生长发育时期或不同生理病理条件下转录得到的所有mRNA的集合。根据中心法则可知，DNA通过转录成mRNA再翻译成蛋白质，mRNA在遗传法则中处于中央枢纽地位，可以作为桥梁将基因表达与下游的zuì终翻译物质联系起来。转录组分析是功能基因的研究利器，分析转录组学数据可以得到大量差异表达的基因以及众多调控网络，但是难以确定关键调控途径以及控制关键途径的物质。
代谢组是指生物体在不同时期或不同生理状态下新陈代谢产生的所有内源性小分子代谢物，是生物体在内外调控下基因转录的zuì终结果，也是生物体表型的基础和直接体现者。基因表达以及表型性状的微小变化会在代谢层面得以放大，因此，代谢组学分析可以反映表型变化的分子机理。将转录组与代谢组进行联合分析可以实现基因表达与表型变化之间的连接，从“因”和“果”两个层面剖析生物学问题，通过筛选某一生物学过程中的关键基因以及代谢产物，构建核心的生物学代谢通路以及调控网络，解释影响表型的基因机理，从整体上深度解析生物系统的生长发育和病变过程。
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