血液是常用的也是重要的代谢组学分析样本，通过不同的收集处理方式可以制备不同的血液样本：血清和血浆。血清是离体血液自然凝固后离心收集的上清液，主要包括各种蛋白、多肽、氨基酸、脂类、碳水化合物、生长因子、激素、无机物等。血浆是离体血液加入抗凝剂后离心收集的上清液，与血清相比，血浆中含有纤维蛋白原，也可以说血清是不含纤维蛋白原的血浆。
血清和血浆所含的内容物种类差别不大，二者都可以作为代谢组学的分析样本。但是血清和血浆中不同的代谢物浓度具有的很大的差别，因此在实际操作中需要根据具体的实验目的或者关注的代谢物来选择用血清还是血浆。血浆的制备无需等待血液自然凝固，相比血清样本重复性更好。因此，如果更注重实验的重复性，建议选择血浆作为样本。另外，如果要研究纤维蛋白原，只能选取血浆作为样本。
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