基于质谱的蛋白质组学研究方法主要可分为“自下而上”（Bottom-up）和“自上而下”（Top-down）两种策略。其中，“Bottom-up”策略需要先对蛋白质进行酶切，通过质谱检测酶切生成的小分子肽段进一步实现多种蛋白质分析，这种从局部到整体的研究蛋白质的分析思路类似于基因组鸟枪法测序技术，因此又称为鸟枪法蛋白质组学。
“自下而上”蛋白质组学质谱研究策略是目前zuì成熟、运用zuì广泛的蛋白质分析技术，在蛋白质定性定量鉴定、一级结构测定以及蛋白质翻译后修饰情况分析包括修饰类型、修饰位点以及修饰水平等方面具有重要意义。常见的蛋白质定量技术如Label Free、iTRAQ、TMT以及SILAC等都是基于“自下而上”策略进行的。
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北京百泰派克生物科技有限公司（Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd. 简称BTP）从事以生物质谱为依托的生物药物表征，大分子物质（包括蛋白质、多肽、代谢物）质谱分析以及小分子物质检测服务。
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