像其他高数据速率串行互连系统一样，由于附加的传输鲁棒性（CRC和确认），PCIe具有协议和处理开销。长时间连续的单向传输（例如高性能存储控制器中的那些）可以接近PCIe的原始（通道）数据速率的95%。这些转移也可以从增加通道数量（×2，×4等）中获得***大收益。但是在更典型的应用（如USB或以太网控制器）中，流量简档的特征是具有频繁强制确认的短数据包。由于分组解析和强制中断（在设备的主机接口或PC的CPU）中的开销，这种流量会降低链路的效率。作为连接到相同印刷电路板的设备的协议，它不需要与用于长距离通信的协议的传输错误相同的容限，因此这种效率的损失对于PCIe不是特别的
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