IP蛋白磷酸化位点质谱鉴定就是指利用质谱技术对免疫沉淀下来的蛋白质进行磷酸化位点鉴定。免疫沉淀技术是分析蛋白质相互作用的常用技术，其利用抗原与抗体特异性结合的原理来寻找与目的蛋白相互作用的靶蛋白。IP获得的靶蛋白可以通过质谱技术后续分析，即IP-MS分析，主要是对其进行定性和定量鉴定，表征其翻译后修饰情况。
利用IP-MS鉴定蛋白磷酸化位点首先要通过IP获得靶蛋白，然后将靶蛋白进行多重酶切，再将富集的磷酸化肽段进行液相色谱串联质谱分析，由于磷酸化的肽段相比没有磷酸化的肽段分子质量刚好增加了一个磷酸基团的值，因此根据肽段质谱数据对肽段的分子质量进行分析可以实现靶蛋白的磷酸化位点鉴定。
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