蛋白质直接测序是相对间接测序的一种方法，蛋白间接测序就是根据该蛋白的基因序列对蛋白的氨基酸序列进行推导，得到的是理论的蛋白序列，往往不能准确反应该蛋白的真实氨基酸序列，因此，蛋白直接测序法就得以产生和发展。
蛋白直接测序首先需要将蛋白质的多肽链进行拆分，对多肽链的数目进行鉴定；然后再断裂肽链中的二硫键，并测定肽链的氨基酸组成以及氨基酸成分的分子比值；接下来对肽链的C端和N端序列进行鉴定；再将多肽链酶解成小分子肽段，分析每个肽段的氨基酸组成和排列顺序；zuì后将所有的数据进行整合分析，拼接出该蛋白的完整氨基酸序列。
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