MS-MS是在一级质谱的基础上选择有意义的肽段离子继续进行二级质谱分析，即将待测样品进行两次连续的质谱分析，通常通过串联质谱仪来完成，如三重四极杆质谱仪（TQMS或QqQ）、混合三重质谱仪四极-阱质谱（Quadrupole Trap MS）以及混合线性离子阱轨道质谱等。
质谱技术主要是鉴定蛋白的相对分子质量，通过与其他技术如色谱技术相结合可以实现其他理化性质的表征，如蛋白质氨基酸组成序列、含量、浓度、纯度、翻译后修饰方式以及蛋白与蛋白相互作用等。高效液相色谱-串联质谱技术（HPLC-MS-MS）是分析蛋白质含量和纯度的重要质谱技术，MS-MS将两个质谱仪耦合联用，在两个四级杆中间加入碰撞反应池，以裂解经过第一个四级杆筛选后的前体/母离子产生碎片/子离子，二级质谱将一级质谱打碎的离子在打碎一次，将m/z相同的碎片进行进一步甄别，可以得到更丰富的样品信息，具有良好的可重复性、分辨率和灵敏性，提高了检测结果的准确性。
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百泰派克生物科技-生物药物表征，生物质谱多组学优质服务商
北京百泰派克生物科技有限公司（Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd. 简称BTP）从事以生物质谱为依托的生物药物表征，大分子物质（包括蛋白质、多肽、代谢物）质谱分析以及小分子物质检测服务。
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