三类医疗器械经营许可证办理方式如下：
（1）申请人提交申请资料到相关部门；
（2）相关部门受理申请人的申请；
（3）到实际场地进行勘察以及对产品进行审核；
（4）准予颁发三类医疗器械许可证。
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我们办医疗器械的话，医疗器械是分为3类的，一关二类三类，一类是不用管经营范围直接写就可以经营了，二类是备案制的，一般网络或者现场都是备案制，三类是走审批制的，就是要有实际办公地址和库房，其实一类二类三类都可以审批不过通常的就还是一类不用管，二类备案，三类审批。
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一、申请条件:申请《医疗器划经营企业许可证》应当同时具备下列条件:
(一)具有与经营规模和经营范围相适应的质量管理机构或者大专学历以上质量管理人员两个，质量管理人员应当具有家认可的相关学历或者职称;
(二)具有与经营规模和经营范围相适应的相对独立的经营场所
(三)具有与经营规机和经营范围相适应的储存条件，包括具有符合医疗器械产品特性要求的储存设施，设备
(9)应当量立健全产品席量管里制度，包活采得，讲货会收，仓程保等，出库着核，质量银踪制度和不度事件的报告制商等
(五)应当具备与其经营的医疗器域产品相适应的技术培训和售后服务的能力，或者约定由第三方提供技术支持。