HACCP体系认证通常分为四个阶段，即企业申请阶段、认证审核阶段、证书保持阶段、复审换证阶段。
在HACCP中，有七条原则作为体系的实施基础，它们分别是 1、实施危害分析； 2、测定关键控制点（CCPs），一项CCP就是一个在关键点上控制得到实施的步骤。
在预防或消除食品安全风险或将其降至一个可接受的水平方面，具有重要意义； 3、确定关键限制因素（一个关键因素可以满足一个CCP准则）； 4、 建立CCPs的体系； 5、当监测表明某项CCP失控，采取可操作的纠正措施； 6、建立确保HACCP体系有效运作的确认程序； 7、建立涉及所有程序和针对这些原则的实施记录，并文件化。
HACCP体系的审核过程通常分为两个阶段，阶段是进行文件审核，包括SSOP计划、GMP程序、员工培训计划、设备保养计划、HACCP计划等。
这一阶段的评审一般需要在申请方的现场进行，以便审核组收集更多的必要信息。
审核组根据收集的信息资料将进行的危害分析，在此基础上同申请方达成关键控制点（CCP）判定眼光的一致。
审核小组将听取申请方有关信息的反馈，并与申请方就第二阶段的审核细节达成一致。
第二阶段审核必须在审核方的现场进行。
审核组将主要评价HACCP体系、GMP或SSOP的适宜性、符合性、有效性。
其中会对CCP的、纠正措施、验证、人员的培训教育，以及在新的危害产生时体系是否能自觉地进行危害分析并有效控制等方面给予特别的注意。
HACCP认证是用在生产领域的，HACCP标准对企业生产出合乎符合要求的产品很有帮助。
企业进行HACCP认证有以下八个的好处： 1、HACCP认证在问题出现之前就可采取纠正措施，积主动的控制; 2、HACCP认证通过易于的特性如时间、温度和外观实施控制，方法简单、直观、可操作、快速; 3、HACCP认证只要需要就能采取及时的纠正措施，迅速进行控制; 4、HACCP认证与依靠化学分析微生物检验进行控制相比，费用低廉; 5、HACCP认证由直接专注于食品加工的人员控制生产操作; 6、HACCP认证由于控制集中于生产操作的关键点，可以对每批产品采取更多的保证措施; 7、HACCP认证能用于潜在危害的预告，通过监测结果趋向来预告; 8、HACCP认证涉及到与产品安全性有关的各层次人员，包括非技术人员，即全员参与。
实施HACCP认证的益处包括： 1、改善内部过程； 2、通过定期审核来维持体系运行，防止系统崩溃； 3、认证能降低公司的负债倾向； 4、当市场把认证作为的准入要求时，增加出口和进入市场的机会； 5、提高消费者的信心； 6、减少顾客审核的频度； 7、与非认证的企业相比，有更大的竞争优势； 8、改善公司形象。
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