首先，出口销售证书主要是由企业申请并且由国家相关机构审核发放的。它是证明商品符合目的国家进口要求，在进口时能够正常通关和销售的必要证件。出口销售证书通常针对一种具体的产品，需要提供相关的质量检测报告、产品说明书、生产许可证等资料进行申请，并经过国家商检机构的严格审核后才能获得。
而自由销售证书则是一种国际通用的认证文件，它证明商品符合所在国家（或地区）的相关质量标准和法律法规，可以在全球范围内自由销售。自由销售证书不需要针对某个国家或地区进行申请，是企业自行申请和出具，一般情况下需要提供相关的产品标准和测试报告等信息，但审核流程相对简单。
其次，出口销售证书和自由销售证书在适用范围上也存在区别。出口销售证书通常只适用于个别目的国或地区，而自由销售证书适用范围较广，可以适用于不同国家或地区的市场。
出口销售证书和自由销售证书在具体作用上也略有不同。出口销售证书能够直接促进进口国的通关，加快产品销售进程；而自由销售证书则帮助企业全面提升产品质量、加强市场竞争力，为企业进军国际市场提供更多可能性。
总体而言，出口销售证书和自由销售证书都是为了保障产品质量和合规性，促进国际贸易发展，但在具体操作和使用方面存在明显差异。企业在申请这两种证书时要根据自身情况和实际需要进行选择，以便快速和有效地实现产品输出和销售。