办理上海食品经营许可证有如下步骤：
一、取得个体工商户营业执照。办理健康证和知识培训合格证，一般可以去医院或者当地防疫站办，**带上营业执照副本、公章和身份证去。去医院体检后，一般2-3个工作日健康证和知识培训合格证就可以出来了。
二、准备食品经营许可证申请表，可以向当地市场监督管理局咨询下载地址。
三、准备法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证。然后制定食品安全管理制度（一般当地市场监督管理局都有模板）。
四、绘制店铺的平面图。提交缴纳税费单据证明，证实你所使用的水是正规自来水公司提供的。
五、把这些资料全部准备好后，去当地市场监督管理局提交（有的地方在政务大厅就可以办理）。
六、资料提交成功之后，市场监督管理局会安排人员来看场地。一般要求为：进货渠道方有相应的合规资质，店内卫生、使用原料和消毒柜要符合标准。
七、检查合规之后一般15-20个工作日食品经营许可证就出来了，很多地方都会打电话通知去领取。
申请领取《食品流通许可证》，应当提交下列材料：
（一）《食品流通许可申请书》；
（二）《名称预先核准通知书》复印件；
（三）与食品经营相适应的经营场所的使用证明；
（四）负责人及食品安全管理人员的身份证明；
（五）与食品经营相适应的经营设备、工具清单；
（六）与食品经营相适应的经营设施空间布局和操作流程的文件；
（七）食品安全管理制度文本；
（八）省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他材料。
申请人委托他人提出许可申请的，委托代理人应当提交委托书以及委托代理人或者指定代表的身份证明。
已经具有合法主体资格的经营者在经营范围中申请增加食品经营项目的，还需提交营业执照等主体资格证明材料，不需提交《名称预先核准通知书》复印件。
新设食品经营企业申请食品流通许可，该企业的投资人为许可申请人；已经具有主体资格的企业申请食品流通许可，该企业为许可申请人；企业分支机构申请食品流通许可，设立该分支机构的企业为许可申请人；个人新设申请或者个体工商户申请食品流通许可，业主为许可申请人。申请人应当在申请书等材料上签字盖章。
工商营业执照，现在工商营业执照都是三证合一，也就是包括组织机构代码证跟税务登记证了，所以不用单独申请。
食品经营许可证,进货商的资质，进货商的营业执照，食品经营许可证，酒类的话还有酒类流通许可证，有的地方是不要酒类流通许可证的。
食品从业人员健康证,身份证及经营场所的证明。
食品流通许可证，是对食品流通许可证的发放、发放条件、发放程序以及与食品卫生许可证的衔接等问题予以明确。对食品经营者必须坚持先证后照，未取得前置审批文件，不得办理注册登记手续。