软器械消毒中心的分区布局分为五大部分，分别是污染区、烘干区、包装及灭菌区、无菌区和辅助区。
污染区又主要包括污物接收通道（分感染性软器械接收大厅和非感染性全器械接收大厅）、金属探测扫描及分拣区、医疗废物暂存间（标准明确规定，但很容易被忽视，该方面房子五类医疗废物垃圾桶，分别为感染性废物、损伤性废物、化学性废物、药物性废物和病理性废物）、污区缓冲间、污区洁具间、转运推车清洗消毒间、污洗区（安装隔离式洗衣机的区域）。
烘干区主要配置的机器为烘干机（含单机集成系统）、并联式贯穿式烘干机、穿墙或独立的手术衣整烫机。
包装及灭菌区包括灯检位置、折叠台面、传送轨道、配包台、分类储存架、高温灭菌工作站、质检室等，当然还应设置洁区缓冲间和洁区洁具间。
针对质量监测，应包括洗涤消毒质量监测和灭菌质量监测，如BD、BI以及软器械耐水压等指标测试。受制于消毒工厂的自检能力，第三方检测必不可少，包括落尘率、物表、手卫生、空气和手术包的菌落检测。
根据标准要求，软器械消毒中心应提供相关的监测和监测报告，必要时，还应提供相应的技术解释。
“软器械”消毒供应中心建设
软器械消毒供应中心是主要提供手术衣、手术盖单等可阻水、阻菌、透气，可穿戴、可折叠的具有双向防护功能的符合手术器械分类目录的感染控制器械清洗、消毒、干燥、检查、折叠、包装、灭菌、储存、发放的流水线车间。
建设整改的必要性
根据医疗消毒供应中心基本标准要求，在设置软器械消毒供应流水线部分中提出软器械包括“手术衣、手术盖单等可阻水、阻菌、透气，可穿戴、可折叠的具有双向防护功能的符合手术器械分类目录的感染控制器械，不含普通医用纺织品”，其中普通医用纺织品所指包括：病床上用品、病房隔帘、病房窗帘、病员服、医生服、护士服等感控级别较低的医院护理类纺织用品。所以说，根据卫健委规定，不论是院内还是院外，所有符合YY/T 0506标准并已在院内使用，以及感控级别较高属于医疗器械目录护理和防护器械分类，其中可重复使用的手术室感染控制用品、医护人员防护用品、病人护理防护用品等都应在独立设置空间内进行清洗、消毒、灭菌，并提供无菌物品供应。