实验室排风设备的数量及其排风量是实验室空调系统设计考虑的重要因素，常见的实验室排风设备包括排毒柜、万向排烟罩、院子吸收罩、桌面通风罩、生物安全柜、抽风式试剂柜、通风的动物笼、手套箱等。实验室空调系统的设计必须充分考虑实验室的潜在热源与冷源，以便计算出科学准确的冷量及采用变频空调，达到节能的目的，实验室常见的冷热负荷包括人员显热、动物显热、实验室仪器设备、计算机、灯光、冷房、暖房等。
为了降低实验室对环境的污染，应把实验室环保系统纳入实验室设计与建设中，使之成为实验室必不可少的一部分，从而有利于贯彻落实各项实验室环境污染的防治措施。实验室废气，目前对气态污染物的处理方法一般可分为湿法和干法两大类，具体需要根据化学实验室废气的特点来选择高效率、低成本的方法，湿法废气处理、干法废气处理。废水的处理方法有物理法、化学法、生物法，物理法主要利用物理作用以分离废水中的悬浮物，化学法主要利用化学反应来处理废水中的溶解物质或胶体物质，生物法是去除废水中的胶体和溶解中的有机物质。对酸性废水的处理，利用碱性废水进行中和，使混合废水PH值接近中性，在酸性废水中投加中和剂，酸性废水通过碱性滤层过滤中和；对碱性废水的处理，利用酸性废水进行中和，在碱性物质中投放酸性中和剂，向碱性废水中鼓入烟道废气，利用水中二氧化碳中和碱性废水；对于综合废液的处理，采用“水质均化+中和过滤→中和混凝→置换内电解→生物吸附池→沉淀池和清水池”工艺进行处理；在废水处理中，为了保护PH值在线控制系统，采用中和过滤技术，保证酸碱废水能稳定达标。
净化工程中产生的少量浓缩液，可采用固化法处理，生物安全4级和生物安全3级实验室的污水，必须进行消毒处理，经处理后，污水应符合《医院污水排放标准》的规定。实验室产生的固体废物包括多余样品、分析产物、消耗或破损的实验用品、残留或失效的化学试剂等，为了防止实验室的污染扩散，对实验室固体废物的一般处理原则为分类收集、存放、处理，尽可能采用废物回收以及固化、焚烧处理，在实际工作中选择合适的方法进行检测，尽可能减少废物量、减少污染，废弃物排放应符合国有有关环境排放标准。
实验室供气系统按其供应方式可分为分散供气与集中供气。分散供气是将气瓶或气体发生器分别放在各个仪器分析室，接近仪器用气点，使用方便，节约用气，投资少；气瓶柜应设有气瓶安全提示标志，气瓶安全规定装置。集中供气是将各种实验分析仪器需要使用的二类气体钢瓶，全部放置在实验室以外独立的气瓶间内，进行集中管理，各类气体从气瓶间以管道输送形式，按照不同实验仪器的用气要求输送到每个实验室不同的实验仪器上；整套系统包括气源集合压力控制部分、输气管线部分、二次调压分流部分以及与仪器连接的终端部分；整套系统要求具有良好的气密性、高洁净度、耐用性和安全可靠性，能满足实验仪器对各类气体不间断连续使用的要求，并且在使用过程中根据实验仪器工作条件对整体或局部气体压力、流量进行全量程调整以满足不同的实验条件的要求；集中供气可实现气源集中管理，远离实验室，保障实验人员的安全，但供气管道长，导致浪费气体，开启或关闭气源要到气瓶间，使用欠方便。
