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深圳保税区现有3万平米保税仓库对外合作，主营：保税厂房，仓储物流,报关报检。
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境外货物进区流程
1. 仓储货物、加工贸易所需进境料件、转口货物适用于进境备案手续。
2. 收货人或其代理人在货物到港后，到预录入点办理进境货物备案清单预录入手续（仓储、转口货物在仓库预录入，加工贸易进境料件在加工企业预录入），预录入按“进出境备案清单填制规范”填写。
3. 预录入的数据向海关发送申报，待接到接受申报的回执后，打印进境货物备案清单。
4. 在备案清单上签署报关员名字，并加盖报关章，备齐报关员证、提单（包括小提单）、运输单证、原产地证书、相关商业单证、《进口信用证、托收承兑/付汇情况表》、审批单证及其他海关认为必要时需交验的有关单证和资料办理申报手续。
5. 海关接单后，经审核手续齐全有效、符合申报条件的，予以放行，并在有关单证上加盖放行章或验讫章，将盖单证返还报关员办理提货手续。
6. 货物须由海关监管车辆从码头、机场等承运至保税区内。
境外货物进区流程
区内货物出境流程
1. 保税区运往境外的货物适用于出境备案手续。
2. 发货人或其代理人到预录入点办理出境备案清单预录入手续，预录入按“进出境备案清单填制规范”填写。
3. 将预录入的数据向海关发送申报，待收到接受申报的回执后，打印出境货物备案清单。
4. 在备案清单上签署报关员名字，并加盖报关章，备齐报关员证、相关商业单证、运输单证、审批单证及其他海关认为必要时需交验的有关单证和资料办理申报手续。
5. 海关接单后，经审核手续齐全有效、符合申报条件的，予以放行，并在相关单证上加盖放行章或验讫章，将盖章单证返还报关员办理货物装船出运手续。
6. 货物须由海关监管车辆从保税区承运至码头、机场等。
其它境外货物进区流程
1. 除仓储货物、加工贸易进境料件和转口货物外的从境外运入保税区、从保税区运往非保税区或者从境外通过保税区报关直接运往非保税区的货物适用于该进出区备案及报关流程。
2. 收（发）货人或其他代理人到预录入点办理进口报关单预录入手续，按“报关单填制规范”填写。
3. 将预录入的数据向海关发送申报，待接到接受申报的回执后，打印进口报关单。
4. 在报关单上签署报关员名字，加盖报关章，准备好报关员证、相关商业单证、运输单证、审批单证及其他海关认为必要时需交验的有关单证和资料办理申报手续。
5. 海关接单后，经审核手续齐全有效、符合申报条件的，予以放行，并在相关单证上加盖放行章或验讫章，将盖章单证返还报关员输提货手续。
6. 入区货物须由海关监管车辆从码头、机场等承运至保税区。
货物从非保税区出口到保税区流程
1. 从非保税区运往保税区的货物适用于出口报关手续。
2. 货物直接运入码头或运入保税区后，发货人或其代理人到预录入点办理出口报关单预录入手续，预录入按“报关单填制规范”填写。
3. 将预录入的数据向海关发送申报，待接到接受申报的回执后，打印出口报关单。
4. 在报关单上签署报关员名字，加盖报关章，备好报关员证、相关商业单证、运输单证、审批单证及其他海关认为必要时需交验的有关单证和资料办理申报手续。
5. 海关接单后，经审核手续齐全有效、符合申报条件的，予以放行，并在相关单证上加盖放行章或验讫章，将盖章单证返还报关员，货物就可以正常入区了。
苏州市从严从紧开展疫情防控工作，苏州班列根据相关防疫政策要求，成立“中欧班列（苏州）防疫保障小组”，对于中高风险地区来苏车辆，安排专人到高速公路出口接车，对货车司机全程跟踪并实行闭环管理，一定程度上保障了长三角地区班列配套供应链的通畅。