在实际贸易中，会存在很多的情况：1、有很多半成品供应商销售产品给成品生产商时遇到困难。成品生产商是加贸企业，而供应商是一般企业。成品生产商要求做转厂，供应商无法转厂；2、同时加贸企业的两家工厂，由于归属的主管海关不同，手册备案信息差异等问题，都可能导致无法转厂；
此时，通过保税区，可以实现“转厂”操作，达成贸易交货。
保税区转厂就是通过保税区入区退税政策，以先出口再进口的方式解决加工贸易企业深加工结转手续复杂，深加工增值部分不予退税问题；通过卖方先把货物出口到保税区，买方再从保税区报关进口的过程，加工贸易企业用手册报关进口以达到免税进口的目的。
转厂都是跟加工贸易企业（外资企业）有关的。因为加工贸易企业属于海关监管企业，使用手册报关，原材料需要进口的，生产的产品也需要出口，这样才能核销手册。所以加工贸易企业在国内采购原材料的时候需要原材料供应商把货物出口到保税区，然后加工贸易企业再用手册报关进口以达到免税进口的目的；或者加工贸易企业生产的产品需要在国内销售，就必须先通过出口完成手册出口核销，然后再由买方申报进口，如果不这样操作的话加工贸易企业需要补证原材料进口的关税和其它税费