一、 提交申请
申请人可通过邮寄或电子邮件的方式提交发明专利申请，但应注意：
（1）菲律宾知识产权局不接受直接在网上提交申请，需要通过 PCT国际阶段程序向国际局提交申请；
（2）申请人可以将已完成的所有文件交给国际局，无需亲自去递交；
（3）菲律宾知识产权局仅在电子邮件上对 PCT国际阶段程序进行答复，而不会就该阶段程序进行当面答复；
（4）菲律宾知识产权局不会对申请文件进行实质审查，只会对提交的文件进行形式审查。
申请人在菲律宾提交发明专利申请时应包括：
（1）与该发明有关的产品和/或方法的描述；
（2）证明该发明与已有的专利保护范围相同的材料；
（3）证明该发明和/或产品或方法可以获得专利保护的材料；
（4）说明该发明申请已经在其他国家获得专利保护，以及该发明是否符合《巴黎公约》或 PCT规定的优先权要求。
二、 实质审查
菲律宾专利复审委员会（PTO）对发明专利申请进行实质审查，包括对与技术主题相关的说明书、权利要求书、附图等文件的审查。该决定对申请是否授予专利权具有决定性作用。如果不存在实质性缺陷， PTO将做出授予专利权的决定，并向申请人签发专利证书。
如果申请人或其代理人没有在规定期限内提起专利无效宣告或者强制许可请求，则视为授权。
在 PTO决定授予专利权后，申请人需要缴纳专利登记费、年费等费用，以及公布专利申请的费用。在菲律宾获得专利权之后的一年内，还需要缴纳年费以维持权利。
三、 获得授权
发明专利授权必须满足以下条件：
1.申请的内容必须是发明专利；
2.申请应在申请之日起12个月内提交，或在进入实质审查程序前6个月提交；
3.授予发明专利的决定由菲律宾知识产权局做出，可以通过公开日或授权公告日的方式公布；
4.授予的发明专利可获得5年的专利保护期，自申请日起算；
5.发明专利需要缴纳年费。根据《专利法》第34条，在专利申请被授予专利权后，申请人应在自授予专利权之日起3年内缴纳年费，以维持该专利。如果专利权人未缴纳或未按时缴纳年费，该专利权将被视为终止。在专利申请被授予专利权后，申请人应在专利授权公告前向菲律宾知识产权局提交两份声明：一份是声明是否同意以外国专利审查机构的审查意见为基础修改申请，另一份是声明是否同意授予该发明专利权。如在该期间内没有收到任何修改或异议，则该申请将被授予专利权。
四、 授予专利
1.审查程序：菲律宾知识产权局的审查程序包括形式审查和实质审查。对于外观设计，申请人应在提交申请之日起2个月内提交，实用新型和发明专利申请应在提交之日起18个月内提交。审查过程中，菲律宾知识产权局将发出一份书面意见。
2.修改：如果申请人的外观设计或实用新型专利申请的权利要求修改未超过原申请的范围，则无需进行实质审查。如果修改超过了原申请的范围，则需要进行实质审查。在菲律宾，专利法规定申请人有权在授予专利权前对其专利进行修改，但该修改不得超出原申请的范围。申请人可以通过向菲律宾知识产权局提出异议或上诉来维护其权利。
3.授权：专利授权应自发布之日起2个月内颁发。