企业通过 ISO9001 认证后，被查出与认证时不一样，可参考以下处理方式：
轻微差异
如果是一些文件记录的小疏漏，如个别记录填写不完整、文件版本更新未及时通知等，企业应尽快补充完善相关记录，更新文件并发放到相关部门和人员，同时对相关责任人进行提醒和培训，避免类似情况再次发生。
对于偶尔出现的未严格按照流程操作，但未对产品质量或服务质量造成实质性影响的情况，企业应立即纠正操作，对相关人员进行再培训，使其明确正确的操作流程和要求。
严重问题
若存在体系运行严重失效，如质量目标长期未达成、关键过程控制缺失导致产品质量出现批量问题，或者发现认证时提供了虚假材料等情况，企业需要高度重视，成立专门的调查小组，深入分析问题产生的根源。
制定整改计划
针对查出的问题，制定详细的整改计划，明确整改的目标、措施、责任人和时间节点。整改措施要具有针对性和可操作性，能够切实解决问题。
对于涉及多个部门的问题，要明确各部门的职责和协作关系，确保整改工作的顺利进行。
实施整改措施
按照整改计划，认真组织实施整改工作。加强对整改过程的监督和检查，及时发现和解决整改过程中出现的问题，确保整改措施落实到位。
对整改后的效果进行评估，验证整改措施的有效性。如果整改效果不理想，要及时调整整改措施，重新进行整改。
主动报告
第一时间将被查出的问题及企业采取的整改措施向认证机构进行报告，保持沟通的及时性和透明度。让认证机构了解企业对问题的重视程度和整改的决心。
配合调查
积极配合认证机构的调查工作，提供相关的证据和资料，协助认证机构了解问题的全貌和整改的进展情况。
根据认证机构的要求，可能需要接受额外的审核或检查，企业要做好相应的准备工作。
监督审核不通过
如果问题较为严重，可能会导致监督审核不通过。企业需要按照认证机构的要求，在规定的时间内完成整改，并重新申请监督审核。
在整改期间，企业的认证证书可能会被暂停使用，这会对企业的市场信誉和业务开展产生一定的影响。企业要及时向客户和相关方说明情况，争取理解和支持。
认证资格被撤销
在极个别情况下，如果企业存在严重的违规行为，如提供虚假材料骗取认证、体系运行严重失效导致产品质量出现重大安全问题等，认证机构可能会撤销企业的认证资格。
企业如果被撤销认证资格，需要重新审视自身的质量管理体系，进行全面的整改和提升，待符合认证条件后，重新申请认证。