互联网宗教信息服务许可证的申请流程较为复杂。具体体现在以下几个方面：
申请条件严格：申请人需是境内依法设立的法人或非法人组织，法定代表人或主要负责人为具有中国国籍的内地居民。要有熟悉国家宗教政策法规和相关宗教知识的信息审核人员，例如江苏省明确规定申请主体须配备至少 1 名专职宗教信息审核员，且审核员要参加并通过互联网宗教信息审核员考试。还需有健全的互联网宗教信息服务管理制度、信息安全管理制度和安全可控的技术保障措施，以及与服务相匹配的场所、设施和资金，申请人及其法定代表人或主要负责人近 3 年内无犯罪记录和无违反国家宗教事务管理有关规定的行为。
准备材料繁多：需填报互联网宗教信息服务申请表，并提交申请人依法设立或登记备案材料及法定代表人或主要负责人身份证件、宗教信息审核人员相关情况说明、互联网宗教信息服务管理制度、信息安全管理制度和技术保障措施材料、场所设施和资金情况说明、无犯罪记录和无违规行为承诺书、拟从事互联网宗教信息服务的栏目功能设置和域名注册相关材料等。若申请提供互联网宗教信息传播平台服务，还需提交平台注册用户管理规章制度、用户协议范本、投诉举报处理机制等。
审核环节细致：省级以上人民政府宗教事务部门自受理申请之日起 20 日内作出决定，审核过程中可能会征求网信、公安等部门的意见，必要时还会开展实地核查，以确保申请材料的真实性和申请人符合相关条件。
由于申请条件严格、材料准备繁琐、审核环节细致，整体申请流程较为复杂，需要申请人充分准备和积极配合。