蛋白质相互作用是指两个或多个蛋白质以及蛋白质与其他化合物相互结合形成大分子蛋白复合物的现象。蛋白质通过与其他蛋白质或化合物相互结合可以发挥更复杂多样的生物学功能，参与各种重要的生理活动。在正常情况下，蛋白质之间的相互作用是随时处于动态变化中的，而且有些蛋白间的相互作用较微弱、短暂。因此，在蛋白质相互作用研究中zuì核心的内容就包括有效捕获相互作用的蛋白质并对其进行后续定性定量表征两个部分。质谱技术是当前蛋白质组学研究的强有力工具，可以实现多种蛋白质分析，包括分子质量、氨基酸序列、空间结构、含量、翻译后修饰情况以及蛋白质相互作用分析等。利用质谱技术分析蛋白质相互作用主要是对蛋白质相互作用研究当中的第二部分内容进行分析，即相互作用蛋白质的定性和定量鉴定，而互作蛋白的捕获则需要通过其他技术如免疫沉淀（IP）、免疫共沉淀（Co-IP）、Far-Western Blot以及（GST-）Pull down等来实现。因此，通常将IP、Co-IP、Far-Western Blot以及（GST-）Pull down等技术与质谱技术联用来实现完整的蛋白质相互作用分析流程。
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