蛋白质组学是指对一个细胞、组织、机体所表达的全部蛋白或系统中包含的全部蛋白进行检测，包括蛋白质种类、表达水平、氨基酸序列、翻译后修饰情况以及蛋白质相互作用等，旨在从蛋白质层面揭示细胞的生理生化以及病理过程，诠释其执行各种生物学功能的分子机理。蛋白质组学的研究内容决定了其基本技术主要涉及蛋白质样品制备、混合蛋白质组分分离以及蛋白质鉴定三个部分，每个独立的部分又包含多种不同的技术，下表列举了部分基本的蛋白质组学技术：
蛋白质样品制备技术
一步提取法
采用单一裂解液和裂解步骤，提取细胞或组织中的全体蛋白
分步提取法
根据蛋白质的溶解性和蛋白质在细胞中不同的细胞器定位对蛋白样品进行预分级，将细胞或组织中的全体蛋白分成不同的部分
蛋白质分离技术
一维电泳分离技术
根据蛋白质分子量的差异对其进行分离
双向电泳分离技术
根据蛋白质等电点和分子量的差异，连续进行成垂直方向的两次电泳将其分离
毛细管电泳技术
在高电场强度作用下，对毛细管中的待测样品按分子质量、电荷、电泳迁移率等差异进行有效分离
色谱技术
根据蛋白质混合物中的各组分与固定相的亲和力不同而导致洗脱速度不同实现各组分的分离
蛋白质鉴定技术
测序技术
通过各种测序技术如Edman降解法、Sanger测序法等测定蛋白质的氨基酸序列从而实现蛋白质的定性鉴定
质谱技术
通过检测肽段离子的质荷比以及信号峰强度等信息结合生物信息学分析实现蛋白质的定性、定量、翻译后加工以及相互作用的蛋白质等
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