氨基酸是蛋白质的基本组成单位，不同的氨基酸种类、数量和排列顺序组成了不同的、成千上万的蛋白质。因此，氨基酸分析是蛋白质组学研究中的重要内容，在蛋白质定性鉴定中扮演着十分关键的作用。蛋白组织质谱分析氨基酸就是利用质谱技术分析组织中蛋白质的氨基酸组成和排列顺序等，以实现组织中各种蛋白质的定性鉴定。
质谱技术鉴定氨基酸主要是根据其质荷比信号推导出分子质量来实现的，蛋白质经完全水解后产生单个的氨基酸残基，通过质谱分析可以获得其质荷比信息，再与20种氨基酸残基的理论分子质量相匹配，可以确定氨基酸的种类，这种方法只能确定该蛋白的氨基酸组成和种类，不能获取各氨基酸的排列顺序信息。如果想要同时获取氨基酸的排列信息，则不能将蛋白质进行完全水解，而是酶解成小分子肽段进行多级质谱分析，即在一级质谱分析后选取肽段母离子进行进一步碎裂，检测子离子的质谱信号以鉴定肽段的氨基酸组成和排列顺序，再通过肽段之间的拼接即可实现完整蛋白质的氨基酸组成和排列方式鉴定。
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百泰派克生物科技-生物药物表征，生物质谱多组学优质服务商
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