差异蛋白是指不同处理条件如不同培养方式、不同外界环境等条件下两个样本之间表达水平存在显著差异的蛋白质。差异蛋白分析即通过分析样本之间蛋白质的表达水平来筛选差异蛋白，蛋白质表达水平即蛋白质在该体系中的浓度或含量是进行差异蛋白分析的物质基础和前提条件。
分泌组学差异蛋白分析就是分析差异分泌蛋白，其分析技术和方法与蛋白质组学差异蛋白质分析相似，主要分析的内容包括寻找差异分泌蛋白以及对差异分泌蛋白进行定性分析和其他生物信息学分析，其中zuì主要和zuì关键的是找出表达水平存在差异的分泌蛋白。目前zuì主流的方法是基于质谱技术进行定量分析再借助其他软件等进行差异蛋白质筛选。以应用范围广的Label Free技术为例，如果只基于一级质谱数据进行定量分析，其数据普遍认为符合正态分布，可以利用类似芯片分析的方法如T检验和limma等进行后续分析；如果基于二级质谱数据进行定量分析，质谱数据一般认为符合泊松分布，可以参照高通量测序的RNA-seq分析方法如DESeq2和edgeR等进行后续差异分析。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF质谱平台，结合Nano-LC纳升色谱,
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百泰派克生物科技-生物药物表征，生物质谱多组学优质服务商
北京百泰派克生物科技有限公司（Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd. 简称BTP）从事以生物质谱为依托的生物药物表征，大分子物质（包括蛋白质、多肽、代谢物）质谱分析以及小分子物质检测服务。
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