公司注销时可能存在涉税问题的原因有多种：

账面有存货但无实物。如果公司已经销售了货物，但未将其记入账目，未开发票，隐瞒销售收入，同时销售成本也未结转，这将导致账面存货数大于实际库存数。如果这种情况发生，需要自查并补缴相应税款。

增值税有留抵不能退。如果企业注销后，存货中尚未抵扣的已征税款以及留抵税额，税务机关都是不予退还的。这种情况下，与关联公司之间的交易必须有合理的商业目的，且价格公允，否则可能会被认定为虚开发票。

从公司借款一直未归还。这种情况下可能会涉及到缴纳个人所得税的问题。

未足额缴纳印花税。印花税的征税范围非常广泛，购销、租赁、注资、营业账簿等都涉及印花税。

税务注销不彻底或者因某些原因未完成税务注销程序。如果工商已经注销，但税务仍在正常运营，那么仍然应该正常报税，否则可能构成偷税漏税，需接受罚款。

公司以前的合作方被稽查。例如虚开发票或进项不合规等情况，税务会顺藤摸瓜找到您的公司，会彻查所有的打款信息、发票、合同。如果无法提供相关信息，就可能面临罚款等问题。

公司本身存在违规行为。在税务注销时没有检查出来，但后来经过其他渠道被查出来，且尚在追溯期内，此时会要求缴纳相关费用。

为了避免在注销过程中出现涉税问题，公司应当在注销前进行全面的自查和准备工作，包括核实税务情况、清理债权债务关系、按法定程序结束业务等。