目前，制药企业在工业生产中产生的废水因其成分复杂、有机物含量高、毒性大、颜色深、含盐量高，特别是生化性能差、间歇排放，已成为我国污染严重、处理难度大的工业废水之一。所谓制药废水，正如其名字所示，是制药工厂生产中药和西药时产生的废水。制药废水主要包括抗生素生产(生物制药)废水、合成药物生产(化学制药)废水、中医药生产废水、各种制剂生产过程的洗涤水和清洗废水4种。
制药废水的特性药品的生产过程决定了制药废水的特性。在药物生产过程中，通过化学合成工艺和从药用植物中分离纯化得到生药。由于药物种类不同、生产工艺不同、工艺复杂、原辅料数量多、生产过程中原料和中间体质量控制严格、净料收率低、副产物多。
制药废水具有成分差异大、成分复杂、污染物量大、化学需氧量高、生化需氧量和化学需氧量比值低、波动大、生物降解性差、难降解物质量大、毒性强、间歇排放、水量和水质及污染物波动大的特点，给处理带来很大困难。制药废水的组成在我国制药业工业生产关键为生物医药、有机化学制药业和中草药材生产制造、相匹配着上边提及的抗菌素生产废水、生成药品生产制造（有机化学制药业）污水、中药方剂生产废水。
生物制药采用微生物发酵、过滤、纯化各种有机原料，生产各种抗生素、氨基酸和一些药物中间体的化学制药采用化学反应工艺，以有机原料、无机原料等为药物中间体或合成药物的中药生产是加工、提取中药的制剂或中医药，生产技术主要包括原料的预处理和提取制剂。制药废水的危害虽然制药废水的质量因不同的产品、原料和工艺方法而异，但总的来说，制药废水是一种有机污染物、有毒物质、难降解物质和高含盐量的工业废水。随机排放会对环境造成很大危害。
制药废水处理技术制药废水的一般处理方法有物化法、化学法、生化法、其他配套工艺等。由于制药废水中含有大量的有机污染物，制药废水的质量特性使得大部分制药废水仅靠生化处理无法达标。因此，生化处理前必须进行必要的预处理。一般情况下，应调整水质、水量和酸碱度，并根据实际情况采用一些理化或化学方法作为预处理程序，以降低水中的悬浮物、盐度和部分化学需氧量，减少废水中的生物抑制物质，提高废水中的可降解性，从而便于废水的后续生化处理。