据商务部外贸司介绍，在《在对外贸易经营者备案登记办法》中，对于企业的分支机构能否以及如何办理对外贸易经营者备案登记未作明确规定。考虑到外贸业务涉及多个环节，是一个系统工程，因此在备案登记制实行之初，我部曾会同有关部门就企业分支机构独立申请外贸权等问题进行过认真研究。在接到您的留言之后，为慎重起见，我们立即与有关部门再次联系，得到的反馈意见是：根据《中华人民共和国海关对报关单位注册登记管理规定》（海关总署第127号令）等规定，进出口货物收发货人只能在海关办理一次登记，因此如企业已在海关办理注册登记，其分支机构不得再次办理，而应用公司的海关编码申办报关业务。所以，即使企业的分支机构能够办理对外贸易经营者备案登记，也无法在30个工作日内到海关等部门办理开展对外贸易业务所需的有关手续，根据《对外贸易经营者备案登记办法》第八条的有关规定，其《对外贸易经营者备案登记表》将自动失效，即企业的分支机构无法作为一个独立的经营主体获得并享有外贸权，而只能以总公司的名义开展外贸业务。
鉴于上述情况，为避免企业的分支机构为办理备案登记往返于有关部门之间造成人力、物力和时间的无谓浪费，我部已明确要求各地的备案登记机关，对企业的分支机构办理对外贸易经营者备案登记的申请不予受理并认真说明原因。