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企业被认定为高新技术企业后，将有资格享受15%的所得税优惠税率，并在申请科技创新补贴上具有更大的优势。这些优惠政策的享受都需要企业将财务核算按照财政、税务、科技部门的要求做到实事求是、账务清晰。
一、公司产品的研发立项为研发费核算的起点
1、研发部门制定研发立项计划，包括研发目的、研发人员、研发周期、研发投入等。该计划需要财务人员参与讨论后提交董事会。讨论中财务人员可以根据高新技术企业审核要求，结合公司实际情况提出立项数量增减变动等建议。例如将一个大项目拆分成若干小项目，更有利于审核通过；而将技术相关、产品相关的几个小项目合并成一个大项目，有时更能集中资源、组织材料。
2、研发部门在研发过程中出现新情况需及时向财务部提交变动单。比如研发人员变动、设备变动、研发预算增减、专利申请进程、产品销售预期变化等都需要及时告知财务部门，财务可根据实际情况调整核算明细，将真实的核算结果上报税务及科技部门。实践证明，研发部门一般不直接与税务部门打交道，当税务人员提出技术问题时，需要财务人员具备基本的讲解能力。但如何讲清讲懂，就需要财务人员平时多向研发人员请教，平日工作中多参加研发生产会议，至少要了解一些基础的技术原理，做一个多面手才能适应企业发展需要。
二、研发费科目设置与核算
高新技术企业财务核算方法对传统生产企业财务核算流程产生了不小的冲击。从科目设置到业务衔接均有很大变化，财务人员应仔细研究分析筹划，以符合外部审核要求。
1、公司使用财务软件进行财务核算。科目设置为：一级科目“管理费用”；二级科目“研发费”；三级科目人工费、材料费、折旧费、设备维修费、水电费、专利申请费、办公费等。并在三级科目录入时按照研发项目设置辅助核算。该设置方法，可以将每笔研发费支出所包含的各种信息，通过一次凭证录入记入财务核算软件。
2、财务收到与研发支出相关的单据，需要审核单据内容是否齐全。需要强调的是，每笔研发支出必须写明所属的项目名称，这是研发项目辅助核算的直接依据。涉及到减免税，税务机关会详细审核研发支出单据，这就要求报销单据完整真实，经得起检查。
3、人工费、折旧费、维修费等无法直接记录的费用，需要按照研发工时合理分配记入各研发项目。
4、财务部门月末需向研发部门提供各《研发项目支出明细表》，有助于研发部门及时掌握预算执行情况，也便于研发部门发现核算中可能存在的问题，及时反馈。
5、需要强调的是，研发费的归集除管理费用―研发费科目外，《办法》还规定了适用于无形资产科目的情况。除上述两个科目，不允许企业将研发费归入营业成本、制造费用等其他科目，税务审核实践中，这一点非常重要，需要企业关注。
6、购入的用于研发的固定资产不能一次计入管理费用，仍需按照企业固定资产管理要求，由设备管理部门办理固定资产出入库手续，财务将其原值计入固定资产科目，其折旧额可计入管理费用――研发费。实践中，企业不同部门的固定资产存在调转使用的情况，这就需要设备管理部门及时出具《固定资产转移单》，财务根据转移单录入《固定资产明细卡片》，确保研发费用――固定资产折旧的准确性。期末，财务部要会同设备管理部门、使用部门盘点固定资产使用情况，有变化的及时作出调整。
三、高新技术产品收入核算
1、财务部门与销售部门、研发部门、仓库统一口径，使用统一的高新技术产品名称。实践中，企业签订合同与开具发票、仓库出库、研发立项报告中使用的产品名称经常有差异，对于税务审核部门，无法具体分析这些不同的名称是否都代表同一种产品，造成税企之间无法达成统一。
2、按照公司管理流程，销售部门签订的销售合同必须提交财务部门复印备查。财务部根据合同条款提醒销售部门按时开具发票、及时收取货款。销售合同是高新技术企业认定和复核、享受所得税减免的重要文件，财务部需分门别类妥善保管，及时向有关部门提供。
3、高新技术产品销售收入应设置数量金额式明细账。一级科目为主营业务收入、二级科目为具体的产品名称，当然也可以采用其他分类方法，但要以清晰明了为主旨。审核部门会将该明细账与销售合同对照，这就需要企业及时准确的开具销售发票，按照税法要求的期限申报纳税。
4、申请认定高新技术企业的一项必须达到的条件为：高新技术产品销售收入占当年度总收入的60%以上。这个总收入需要根据企业实际情况予以计算确定。例如：废料销售收入、体现在销售费用中的样品支出、体现在固定资产清理科目的固定资产销售都应当计入企业总收入。实践中，不同地区对企业获得的科技创新补贴收入是否计入总收入存在着执行差异。公司所在地区的税务部门要求企业计算总收入时可以剔除科技补贴收入，这对靠财政支持搞创新的企业来说无疑是好消息。鉴于这些差异，财务人员平时就要做好备查，审核填表时就能做到心中有数。
另外，高新技术企业税收优惠政策是相对量的减免，而研发费加计扣除政策是量的减免，两者结合或者选择筹划是经营管理者与财务人员专业能力的体现。