在了解自贸区前，我们先来看看保税区的概念。最早是没有保税区的，货物过关入境是需要缴税的，直至1990年，上海外高桥有了中国的第一个保税区。
保税区，又称保税仓库区，是一国海关设置的或经海关批准注册、受海关监督和管理的可以较长时间存储商品的区域。运入保税区的货物可以进行储存、改装、分类、混合、展览，以及加工制造。外国货物可以在保税区与境外之间自由进出，但如果要进入关境就需交纳关税了。
在自贸区出现之前，保税区就是境内最开放的地方。就地理位置而言，自贸区是现有保税区的合并；从政策上来讲，自贸区就是现有保税区的全方位升级，自贸区实行“境内关外”政策，保税区实行“境内关内”政策。
自由贸易区也分两种，第一种是Free Trade Area，简称FTA，指两个以上的国家根据WTO相关规则签署自由贸易协定所形成的区域，不仅包括货物贸易自由化，还涉及服务贸易、投资、政府采购、知识产权保护、标准化等更多领域的相互承诺，是一个国家实施多双边合作战略的手段，属于比较广义的范畴了，亚太自贸区就是FTA类型。
我们生活中更能接触到的是第二种，Free Trade Zone，简称FTZ，指某一国或地区在己方境内划出一个特定区域，单方自主给予特殊优惠税收和监管政策。沪、津、粤、闽自由贸易试验区就属于这种类型。
自贸区的政策较为开放，主要表现在贸易自由、人员进出自由、货币流通自由、货物存储自由、货物进出自由等方面。
尽管保税区与自由贸易区都起到类似自由港的作用，但在开放程度、功能设计以及监督管理等方面还存在着较大区别。
一是保税区在海关的特殊监管范围内，货物入区前须在海关登记，保税区货物进出境内、境外或区内流动有不同的税收限制；而自由贸易区是在海关辖区以外的、无贸易限制的关税豁免地区。
二是保税区的货物存储有时间限定，一般为2～5年；而在自由贸易区内，货物存储期限不受限制。
三是由于保税区内的货物是“暂不征税”，对货物采用账册管理方式；而在自由贸易区，主要考虑货畅其流为基本条件，多数自由贸易区采取门岗管理方式，运作手续更为简化，交易成本更低。
四是目前许多保税区的功能相对单一，主要是起中转存放的作用，对周边经济带动作用有限；而自由贸易区一般是物流集散中心，大进大出，加工贸易比较发达，对周边地区具有强大的辐射作用，能带动区域经济的发展。