基于进一步加大水环境综合治理的迫切需要以及现行排水管理体制的实际情况，城建环资工委认为， 排水许可与排污许可可以并行实施，但必须在立法中明确界定两证发放的范围，为此《草案修改建议稿》规定:工业企业排水单位、污水处理企业以及污水排入自然水体的排水单位和个人，由发放排污许可证;污水排入市政排水设施的工业企业之外的其他生产、经营单位和个人，由水务部门发放排水许可证，从而避免 实践中出现重复审批和多头问题。在此基础上，《草案修改建议稿》还对环保和水务两部门的监管职责进行了明确划分，防止出现交叉管理。
排污许可证制度是指凡是需要向环境排放各种污染物的单位或个人,都必须事先向环境保护部门办理申领排污许可证手续,经环境保护部门批准后获得排污许可证后方能向环境排放污染物的制度。实施污染物排放许可证制度后，容许排污权交易是国内环保制度的重大创新。排污单位经治理或产业(包括产品)调整，其实际排放物总量低于所核准的允许排放污染物总量部分，经批准，允许进行有偿转让。但是，由于在现行的管理安排中，采取的是由政府征收排污费的制度，是一种非市场化的配额办法，而不是使用市场交易的方式。所以从国内的情况来看，将排污权的交易具体化为一项可以操作的制度安排，并加以实际实施，需要在运行机制上进行探索。
如何办理
一、需提供的材料
1、有关环保合法的手续。新建企业和有新建项目的企业需提供环评报告和“三同时”验收材料;2000年以前建成的企业需提供“一控双达标”验收报告。
2、排污许可证申请表一式2-4份。我市列入省163家重点污染企业的19家企业需填写申请表4份(名单见附件1);市属企业填写2份;市属以下企业填写3份(填表的具体要求及格式见范本)。
3、企业有关情况说明。包括生产情况(产品、产量、水耗、能耗、排污情况等)，生产工艺及示意图，各产品的生产周期、排污节点及排放规律，清洁生产水平，企业上年环保工作情况、存在问题及下年工作计划。
4、有效的排污许可证监测报告1份。重点行业及重点企业需提供当年的监测报告，其他企业可提供上年的监测报告。排污许可证监测须由企业向污控处或县、区环保局申请，由污控处或县、区环保局委托市环境监测中心站监测;市环境监测中心站经后制定监测方案，经市局污控处审核同意后，监测部门按照监测方案进行监测。
5、有效的排污申报登记表1份。排污单位须如实填写向当地进行排污申报。排污单位提交的申报数据经监察支队审核认可后，方合法有效。
二、企业提出申请
市属以下企业报送当地环保局初审，市属及市属以上企业直接报污控处审核。
三、审核、发证
对于市属以下企业，县(市、区)环保局根据有关规定，结合有效的监测报告、及该企业的环保表现，签署初审意见，核定污染物排放量，并将初审意见及排污单位的一式3份报送;对于市及市属以上企业，市环保局直接审核监测数据、申报数据，必要时现场核查的方式对市属及以下企业审核、发证;对于省重点污染企业，市环保局签署审核意见后，由企业报送省局审批。
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