限制性核酸内切酶是可以识别特定的DNA序列，并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶，简称限制酶。
在基因工程中的作用是，1可以用于切割DNA，把目的基因从一个DNA分子中切割下来，2可以用于对运载体的修饰和改造；3可以用于基因表达载体的构建，即用同一种限制酶切割目的基因和运载体，产生相同的粘性末端，以便进一步连接。
质粒载体和外源ＤＮＡ中限制酶切位点的性质
如今，质粒载体中限制酶切位点的种类极为繁多，因而通常都有可能找到某种带限制酶切位点恰恰与外源ＤＮＡ部分片段本身毫无二致的载体。这就具备一个不可1比拟的优点，也应是可以用相应的限制酶消化重组质粒崦回收外源ＤＮＡ。另一种方案，则是把片段插入到载体中能产生匹配末端的任何位点中。例如，识别不同的六核苷酸的限制酶BamHl和BglⅡ产生具有相同突出末端的限制酶切片段，这样用BglⅡ消化而制备的外源ＤＮＡ部分片段可以克1隆到用BanHl消化的质粒中。这通常会使接合序列不能被曾用于外源ＤＮＡ或制备载体的任何一种酶所切开。然而很多清况下，用切点位于多克1隆序列侧翼的限制酶进行消化，可将片段从重组质粒中摘出。偶尔在质粒的以及外源ＤＮＡ两端的限制酶切位点之间，内切酶，不可能找到“门当户对”的搭配关系。这时可用下面两种方案加以解决：
1）在线状质粒末端和（或）外源ＤＮＡ部分片段的末端接上合成在接头或衔接头。
2）在得到控制的反应条件下，用大肠杆1菌ＤＮＡ聚合酶I Ｋlenow片段部分补平带3凹端的ＤＮＡ部分片段。如第九章所讨论，这样常可以使那些不相匹配的限制酶切位点转变为互补末端，从而促进载体和外源ＤＮＡ的连接。因为部分补平的反应消除了同一分子两端彼此配对的能力，故连接反应过程中环化和自身寡聚化的机会也会有所降低
限制酶作为酶类，诀定其催化作用具有高1效性、专一性和作用条件温和等特点。其中专一性的具体表现为:某种限制酶只能催化DNA上特定序列特定位点的磷酸二脂键水解，结果是使DNA分子被分割成不同的DNA部分片段。限制酶所识别的双链DNA上的序列具有“回文对称”性质，即无论是奇数个碱基还是偶数个碱基，都可以找到一条中心轴线，中心轴线两侧的双链DNA上的碱基是反向对称重复排列的。当限制酶在它识别序列的中心轴线两侧将DNA的两条链分别切开时，即错位平切，产生的是黏性末端;当限制酶在它识别序列的中心轴线处切开时，即平切，产生平末端。错位切的限制酶在基因工程中比较会常使用到，因为与平末端相比较，黏性末端更有利于DNA部分片段的连接。
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