限制性内切酶对环状质粒DNA产生的酶切片段数与切口数一致。因此，鉴定酶切后的片段在电泳凝胶的区带数，就可以推断切口的数目;从片段迁移率可判断酶切片段大小。用已知分子量的线状DNA 为对照，通过电泳迁移率的比较，可以粗略地测出分子形状相同的未知DNA的相对分子大小。
质粒DNA的相对分子量(Mr )一般在106～107 范围内，如质粒pBR的相对分子质量为2.8×106 ，在细胞内有三种构型：①共价闭环DNA，常以超螺旋形式存在;②如果两条链中有一条链发生一处或多处断裂，分子就能旋转而消除链的张力，这种松弛型的分子叫作开环DNA;③双链线状DNA由于两条链的切口在同一部位被切断，快切酶，不能成环，完全开放成线状，简称线性DNA。如果要测定质粒DNA的相对分子量，建议把质粒用单一切口的酶水解得到线性DNA部分片段。三种构型的质粒DNA 在电泳时的泳动速度为：共价闭环DNA>线状DNA >开环DNA。
限制性内切酶的质量控制鉴定
限制性内切酶的一个活性单位是指，在50μl 的反应体系里，采用随酶提供的 NEBuffer，用1个小时的时间，彻底消化1μg底物DNA所需要的酶量。酶切反应应在带盖的eppendorf 管中进行，选用技术数据卡上所标明的适宜温度。在确定酶活性之前，浓缩的酶应该用推荐的贮存液稀释成大约1，000 单位/ml。
质量控制
所有质量控制鉴定结果都公布在随酶提供的技术数据卡上。
人工酶与限制酶的区别是什么？
生物体内的天然酶都是由几百个氨基酸分子组成的蛋白质。酶所以有那么强的催化作用，跟它特有的结构有关。酶有一个活化中心，即它的催化基因。在化学反应中，催化基因处在两个底物小分子中间，把两个小分子紧紧地拉在周围，使它们结合起来。这就好比一个大人的两只手拉住两个小孩使他们亲近。酶的这种作用能大大加速生物化学反应。
在细菌内存在的一类能识别并水解外源DNA限制性内切酶，它具有很好的专一性，能识别DNA上的特定位点，将DNA的两条链都切断，形成黏性末端或平末端。DNA经限制酶切割后产生的具有碱基互补单链的末端称为黏性末端。限制酶的生物学功能在于降解外面侵入的DNA而不降解自身细胞中的DNA，因自身DNA的酶切位点经修饰酶的甲1基化修饰而受到保护。限制酶较为稳定，常用的约100多种并已转化为商品。限制酶在分析染色体结构、制作DNA的限制酶图谱、测定较长DNA序列以及基因的分离、基因的体外重组等研究中是不可缺少的重要工具酶。
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