DNA连接酶主要用于产生新的核酸分子组合，及在将其连接到载体上
这三个连续的步骤在连接酶的三个不同域进行，与双链DNA接触的各个域环绕DNA底物形成反应域。DNA连接酶主要用于产生新的核酸分子组合，以及在分子克1隆前将其连接到载体上。
用于分子克1隆的DNA连接酶是细菌来源或者噬菌体编码。所有真细菌，DNA酶I，无论是嗜热或嗜温，包含一个单一的连接酶基因，编码NAD*-依赖型的酶(Olivera and Lehman1967; Takahashi et al. 1984)。
在连接反应的第yi步中， 使用NAD的二磷酸作为磷酸1酐键和腺营基团转移到DNA连接酶赖氨酸残基的ε-氨基基团。腺苷酸残基然后转移到DNA底物的5-磷酰基末端，变得易于受到并列的3"羟基基团的亲核攻击。
这导致磷酸二酯键的形成，消去AMP，以及形成DNA链的共价连接。用于分子克1隆的DNA连接酶在连接非经典底物时能力有所不同，如平末端双链、DNA-RNA杂交体或单链DNA.这些以及其他的属性归纳于表5。分子克1隆中比较常用的催化体外连接的酶是T4噬菌体编码的DNA连接酶。
DNA连接酶与DNA聚合酶用途不同
DNA连接酶主要用于基因工程，将由限制性核酸内切酶“剪”出的粘性末端重新组合，故也称“基因针线”。如基因工程中，大肠杆1菌连接酶连接黏性末端，T4连接酶既可连接黏性末端，又可连接平末端。
DNA聚合酶在DNA copy中起做用，主要是连接DNA部分片段与单个脱氧核苷酸之间的磷酸二酯键。
DNA连接酶与DNA聚合酶的区别？
形成方式不同
DNA连接酶是在两个DNA部分片段之间形成磷酸二酯键，不是在单个核苷酸与DNA部分片段之间形成磷酸二酯键。DNA连接酶都不能催化两条游离的DNA链相连接。
DNA聚合酶只能将单个核苷酸加到已有的DNA1片段上，形成磷酸二酯键。dna聚合酶起到催化剂的作用，催化原来的dna进行复1制，然后将原来的dna和复1制以后的dna进行模板配对后，连接聚合在一起，就可以形成新的dna链。
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