限制性核酸内切酶是可以识别特定的DNA序列，并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶，简称限制酶。
在基因工程中的作用是，1可以用于切割DNA，把目的基因从一个DNA分子中切割下来，2可以用于对运载体的修饰和改造；3可以用于基因表达载体的构建，即用同一种限制酶切割目的基因和运载体，产生相同的粘性末端，以便进一步连接。
几种酶的比较及限制酶
1几种酶的比较
(1)限制性内切酶:作用于DNA分子，切割磷酸二酯键，形成黏性末端或平末端。
(2) DNA连接酶:作用于DNA分子片段，连接磷酸二酯键，形成重组DNA分子。
(3) DNA聚合酶:作用于脱氧核苷酸，连接磷酸二酯键，形成新的DNA分子。
(4)解旋酶:作用于DNA分子，作用于氢键，形成DNA分子的单链。
2.限制酶:
(1)一种限制酶通常只识别一种特定的碱基序列，但是有少数限制酶却可以识别不止
一种碱基序列。
(2)不同限制酶也可以识别同-碱基序列;
(3)不同限制酶识别的碱基序列虽然不同，但切出的末端也可能相互连接。
蓝白斑筛选鉴定
用于克1隆的酶还须通过额外的质量鉴定――蓝白斑筛选鉴定，以确定经酶过量消化后DNA末端的完整性。该种鉴定方法为：用酶10倍过量消化适当的载体上lacZ基因中单一的酶切位点，连接，转化，并涂XGal/IPTG/Amp平板。成功地切割、连接和表达b-galactosidase可以说明克1隆后基因是完整的，快切酶，一个完整的基因产生蓝斑，一个不完整的基因(例如，降解的DNA末端)产生白斑。在进行蓝白斑鉴定中，所有的限制性内切酶产生的白斑数量不应超过3%。
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