，东南亚物流市场碎片化，各国地理环境复杂。
东南亚是一个由多个国家组成的多元化市场，每个国家复杂且分散的地理环境为物流的发展带来了更大挑战。比如，印尼是一个由17,000多个岛屿组成的岛国，但许多岛屿的港口很小，货物处理能力有限。即使在印尼国内，众多岛屿也让后一公里的派送耗时更多；越南则是一个狭长的沿海国家，三分之二的国土都在农村地区，而城市与农村地区之间的基础设施水平差异也较大。
第二，东南亚物流成本仍处一个较高的水平。
据Rocket Equities指出，东南亚复杂的地理地形以及较差的公路、铁路和轮渡网络对跨境物流和后一公司派送造成了很大的挑战，使得物流的运营成本占约60%。据了解，由于发达国家的经济高度发达且物流设施非常完善，美国的物流成本占GDP比大概是5%-6%，日本则是7%-8%，中国则是13%-15%。而东南亚国家物流成本占GDP比平均达到了20%左右，也就是说四分之一的经济价值都是被物流消耗的。疫情严重时期，跨境物流的成本也在上涨。
第三，东南亚物流时效有加速，但仍需提高。
据Parcel Monitor在2021年Q1的调查数据显示，新加坡的货物运输时间为1.3天，泰国为1.7天，而印尼为2.0天，而马来西亚则需要2.6天。如果没有疫情期间的行动管制令，货物运输时间可能会更短。但与此同时，东南亚的交通拥堵问题仍在阻碍物流时效的提高。在世界拥堵城市Top10排名中，“堵城”马尼拉和雅加达毫无悬念地了。据谷歌旗下的导航应用Waze数据（2019年9月）显示，在菲律宾的首都马尼拉，交通拥堵的高峰期可以长达四小时，这对菲律宾的物流派送以及其他行业的经济发展形成很大的阻碍。Market Research Philippines报道曾指出，如果政府对此不采取任何措施，到2023年菲律宾预计每天将损失1.064亿美元。
第四，东南亚海关规定复杂。
东南亚各国海关规定不一致，不同国家的进口税制也不统一。有些国家的海关政策并不成熟，也加大了进口物流的难度。比如，许多进口商曾抱怨菲律宾清关流程所需的时间太长。在某些情况下，由于效率低下、传统人手操作以及机器利用率低等原因，有的进口商需要25天才能完成清关。越南电商Fado中国区负责人邓荣赶在做客7点5度直播间的时候曾分享，越南虽然也在努力进行电子清关计划的推行，但是延误的情况仍然十分普遍，而且货物检查程序又缺乏透明度，这让很多大型物流公司表示，越南的海关规定较其他亚洲国家更为严格和繁琐。