影响微波消毒效果的因素有:医疗废物的性质，含水率，温度，医疗废物量，协同剂.
含水率
水是好的吸收微波材料，吸收微波是微波消毒的必要条件，所以待处理的医疗废物的含水率对消毒效果影响明显.含水率影响具有三层意义:不含水分的材料难以用微波消毒，这已被大量试验研究证明.细菌芽孢经过脱水处理后微波照射很难将其杀灭.处于干燥状态的大肠杆l菌比液体中的细菌芽孢对微波抗力还强.含水率可因微波输出功率大小和照射时间长短而具有不同范围.含湿量过高使消毒效果下降.一般情况下，在其他条件不变时，含湿量过大后即负载量过大，使能量分布密度降低，从而使微波消毒效果降低.因此，医疗垃圾处置设备，医疗废物中含水量的大小与微波消毒处理效果具有密切的关系.
焚烧处置技术在处置医疗废物的过程中产生二噁l英以及重金属等物质，尤其是废物来料不稳定的情况下，会造成尾气净化方面的诸多问题，环境风险较大。消毒处理技术是对焚烧处置技术的一种积极补充，其间歇式的运行方式和工艺特点更适合产生量较小、来料不稳定、小规模医疗废物的处理。同时，处理温度多不超过200℃，医疗废物中塑料等含氯高分子化合物不会分解，不会产生二噁l英类致癌物质。
微波消毒处理过程中产生的废气主要来自于破碎过程中产生的扬尘(含细菌、病毒等、挥发性有机物(挥发性的化学溶剂、蒸气等)及恶臭。
微波消毒过程应在封闭的系统中操作，或者是消毒系统处于负压状态，并使排出的气体通过符合要求微粒空气过滤器等空气净化装置净化后排放。
可根据恶臭产生情况设置脱臭塔等脱臭设施对废气进行处理，达到《恶臭污染物排放标准》(CB14554- 1993)后排放。
微波消毒处理过程中的废水主要来自保病废物盛装容器清洗消妻废水、洗车废水以及量微波消毒处理过程排密的覆液。
废水处理技术可采用多种切实可行的处理技术，但废水中污染物排放指标必须达到《污水综合排放标准》(CB8978-1996)要求。
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