横琴注册公司主要是一下几方面的好处，分别是：
1、横琴自贸区成立公司不需要租赁办公场所，能直接使用免费的注册地址；
2、横琴自贸区成立实行注册资本认缴制，公司无须验资即可办理营业执照；
3、在企业所得税方面，对横琴符合条件的企业减按15％税率征收企业所得税；
4、横琴的企业与企业之间的货物以及相关交易可以免征增值税和消费税；
5、符合横琴鼓励投资优惠目录的港澳企业，香港和澳门的员工还可以在个人所得税政策上给予优惠。
货物从横琴进入内地按有关规定办理进口报关手续，按实际报验状态征税，在“一线”已完税的生活消费类等货物除外;横琴企业将免税、保税的货物(包括用免税、保税的料件生产的货物)销售给个人的，应按进口货物的有关规定补齐相应的进口税款;对设在横琴的企业生产、加工并经“二线”销往内地的货物照章征收进口环节增值税、消费税，根据企业申请，试行对该内销货物按其对应进口料件或按实际报验状态征收关税政策，经实际操作并不断完善后再正式实施。