A公司为注册在河南自贸试验区的医药企业，注册资本为6.8亿元人民币，为增值税一般纳税人。2011年至2013年，A公司向河南省开封市B医药贸易公司采购药品，2011年3月至2013年8月期间B企业开具给A企业172份增值税专用发票，金额11497273.53元，税额1954535.97元，价税合计13451809.50元。2017年，开封市某税务稽查局向郑州市某税务稽查局发出《已证实虚开通知单》，证实B公司向A公司开具的上述172份发票为虚开的增值税专用发票。郑州市某税务稽查局收到《已证实虚开通知单》后，向A公司送达了《税务检查通知书》，认为A公司涉嫌虚开增值税专用发票。A公司认为自己并没有虚开增值税专用发票，并提供了相应证据。2017年12月6日，郑州市某税务稽查局作出《税务处理决定书》，认定A公司善意取得虚开的增值税专用发票，要求A公司补缴增值税、企业所得税，对补缴的增值税税款不加收滞纳金，对补缴的企业所得税税款加收滞纳金，但均不予税务处罚。
二、善意取得虚开发票的判定
随着税法不断完善，为了保护纳税人的合法权益，国家税务总局在对纳税人取得虚开增值税专用发票的处理作出规定的同时，2000年在《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发(2000)187号）中明确了纳税人善意取得虚开增值税专用发票的处理方式，即如果购货方不知道取得的增值税专用发票是销售方虚开的，税务机关对购货方就不以偷税或者骗取出口退税论处。这是“善意取得”虚开发票首次在税收法律文件中得到确认，善意取得虚开的发票这一概念目前主要源于这一税收文件。
下面，笔者简要介绍一下如何正确理解、准确判定“善意取得虚开的发票”，以及企业如何应对税务机关的检查。
（一）如何正确理解“善意取得虚开的发票”
企业在生产经营活动中，不可避免地可能会收到税务机关的《税务检查通知书》，称企业取得的某张或某些发票涉嫌虚开，要求企业配合税务检查。不少企业收到税务机关这类通知时很疑惑：我们企业明明向销售方采购了货物，这些发票也是销售方开给自己的，怎么会涉嫌虚开呢？当出现这种情况时，采购方企业存在疑惑是很正常的，因为对于作为采购方的企业而言，一切都是按正常交易习惯进行采购、收货、收票、付款，并按照税法规定进行纳税申报，没有任何“异常”行为，自己不可能存在虚开发票行为。但是，采购方一切正常，不代表销售方的交易合规。出现这种情况，问题很可能源于销售方的税务不合规，也就是：受票企业取得的发票是销售方虚开的，但受票企业并不知情，这就是通常所说的“善意取得虚开的发票”。
要解决企业的上述疑惑，我们需要正确理解“善意取得虚开的发票”的含意。善意取得虚开的发票，简而言之，该发票确实是销售方虚开的，但采购方取得该虚开的发票是出于不知道的“善意”，因为采购方企业在交易过程中有合理的理由相信该发票并非虚开，对销售方的虚开行为并不知情。正确理解“善意取得虚开的发票”，我们需要把握好以下四个方面内容：
首先、该发票已被开票企业（销售方）所在地的主管税务机关认定为虚开，这是受票企业善意取得的前提，如果该发票并非开票企业虚开，那就不存在所谓的善意取得。
其次、税务机关认定的虚开方是销售方，但并不包括购货方（受票方）。购货方是否存在虚开行为，需要由购货方所在地的主管税务机关查实，如果购货方的受票行为最终也被认定为虚开，那同样不存在所谓的善意取得。
再次、购货方不知道取得的发票是销售方虚开的，并且有合理的理由相信该发票并非虚开，这是区分“善意”与“恶意”的界线。如果购货方取得发票时知道该发票是销售方虚开的，那就不是“善意”取得了，而是俗称的“恶意”取得。
最后、税务机关判定购货方是否“知道”销售方的发票是虚开，这里的“知道”仅指“实际知道”，还是包括“应当知道”，法律对此并没有明文规定。但是在税务机关的执法实务中，这里的“知道”一般包括“应当知道”，即法律中常说的“应知”。所以，如果税务机关有合理的理由相信企业在取得发票时“应当知道”销售方虚开发票，而企业未能提供充分的证据证明自己是“善意”取得，那企业就可能会被认定为“恶意”取得，从而承担“偷税”或“骗取出口退税”的税法责任，甚至还可能涉嫌犯罪而被司法机关依法追究刑事责任。
（二）如何准确判定“善意取得虚开的发票”
企业正确理解了善意取得虚开的发票的含义，就解决了上述的疑惑。但要准确判定善意取得虚开的发票，特别是企业要向税务执法机关解释清楚自己属于“善意”取得，就需要有事实依据和法律依据，并准确描述相关事实。依据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发(2000)187号），企业善意取得虚开的发票需要同时符合以下四个条件，这是目前我们判定“善意取得虚开的发票”的标准：
1. 购货方与销售方存在真实的交易；
2. 销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票；
3. 专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符；
4. 没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。
只有同时符合上述四个条件的取得，才能被税务机关认定为“善意”取得，否则就可能被认定为“恶意”取得，最终需要承担虚开发票的行政责任，甚至是刑事责任。
三、“善意取得”的税务稽查应对
当税务机关发出《税务检查通知书》，要求企业配合税务检查时，一般会要求企业向税务机关提供书面情况说明，同时要求企业提供证据资料证明情况说明所陈述事实的真实性。企业面对税务稽查，要沉着冷静，在专业人士的帮助下，以事实为依据、以法律为准绳积极主动应对。
企业要明白，正确应对税务稽查，准确还原事实是最基本的，也是最重要的，所以企业要充分重视书面的《情况说明》。企业在还原相关事实时，要紧扣相关法律规定，有的放矢，既不虚构事实，也不漫无边际地扩大范围。企业在草拟《情况说明》时，可以按照时间、地点、经办人、交易过程、沟通协商过程等思路全面描述，着重描述关键事实的细节，准确呈现交易事实的真实性。这其中有一个需要注意的基本点，就是采购方作为受票企业，并非开票企业当事人，所以一旦开票企业被当地主管税务机关认定为虚开，受票企业就很难通过自身的“非虚开”去证明开票企业的“非虚开”，只能从自身角度证明自己是“善意取得虚开的发票”，这是客观条件所决定的。
企业面对税务稽查，除了需要提交详细的书面《情况说明》，还需要提供证据材料来证明《情况说明》所描述事实的真实性。一般而言，企业需要提交的证据资料主要包括购销合同、货物运输单、付款凭证、货物自用或出售的资料、购销双方业务人员交易过程的沟通记录等，以证明受票企业存在真实的货物采购，同时证明企业在交易过程中有合理的理由相信销售方开具的发票并非虚开。
采购企业通过积极主动应对税务稽查，被税务机关认定为“善意取得虚开的发票”只是维护自身合法权益的第一步。企业被税务机关认定为善意取得虚开的发票后，还需要进行第二步，即采取积极的措施挽回企业税款损失等。此时，企业应及时联系销售方，重新从销售方取得合法、有效的专用发票。如果企业能重新取得有效的发票，那税务机关将准予企业抵扣相应的进项税款。如果无法重新取得有效的发票，那企业须进行增值税的进项税转出，同时采购该货物的成本支出因不具备企业所得税的税前扣除有效凭证，依据《企业所得税法》等相关法律规定，企业应调减企业成本，并按照税法规定补缴相应的企业所得税。当然，企业被认定为善意取得虚开的发票，税务机关将不会加收增值税的滞纳金，也不会对企业进行处罚。
企业如果因销售方的原因无法重新取得合法、有效的发票，从税务机关的执法角度就无法准许企业作进项税抵扣，也无法准许作企业所得税的税前扣除，这是从税法角度得出的结论。受票方企业无法抵扣增值税税款，实际支出也无法作为企业所得税税前成本扣除，从而将遭受一定的经济损失。此时，企业如何维护自身的合法权益呢？根据笔者代理涉税民事案件的经验，企业在这种情况下可以通过民事诉讼的方式向销售方索赔，要求销售方赔偿税款损失等企业损失。