增值税税率不同 -2019年起一般纳税人的增值税税率有4档：13%、9%、6%、0；小规模纳税人增值税没有税率，只有一个征收率3%，特殊行业是5%。2- 计税方式不同 -一般纳税人增值税抵扣计算=销项税额-进项税额-减免税额=应纳增值税；小规模纳税人增值税直接计算=收入*征收率3%。3- 使用发票不同 -一般纳税人可以自行开具增值税专用发票和增值税普通发票，也可以开具4档税率的增值税发票，同时收票方也能抵扣13%-6%的进项税额；小规模纳税人可以开具增值税普通发票，收票方不能抵扣进项税额；小规模需要开具专用发票，税率是3%的专票，收票方可以抵扣进项税额，但是不享受每个季度的免征额。4- 税收优惠不同 -一般纳税人在增值税方面一般很少有优惠政策；2019年起小规模纳税人在增值税方面可以享受：季度收入30万以免交增值税的优惠征策，同时附加税减半征收入的征策。5- 认定方式不同 -新成立的企业，如果没有去选择申请一般纳税人，就自动认定为小规模纳税人；一般纳税人需要去申请才能认定，认定方式有两种：一是有固定办公场所，可以去申请认定，别外一种是销售额超过了500万，也可能去申请认定。6- 申报时间及方式不同 -一般纳税人都是按月申报，并且增值税要在特定的系统内才能申报；小规模纳税人可以选择按月申报，也可以选择按季申报，增值税不需要特定的系统就可以完成申报工作了。
从税负上看，不同行业、不同企业的增值税税负由于增值率的不同而有所不同。一般纳税人和小规模纳税人比较，在增值税转型前，有关专家认为一般纳税人的平均税负在7%左右。工业小规模纳税人的征收率为6%，商业小规模纳税人的征收率为3%。由于小规模纳税人财务核算不健全，税务机关难以准确掌握其销售收入，因此小规模纳税人的实际增值税税负比征收率还要低。行增值税转型后，增值税一般纳税人购进生产性固定资产的进项税金可以抵扣，加上一般纳税人认定门槛的降低，人们原以为小规模纳税人申请一般纳税人资格的积极性会增加。
从管理成本上看，一般纳税人和小规模纳税人由于税收征管的差异，管理成本也存在不同。纳税人要达到按照国家统一的会计制度规定设置账簿，根据合法、有效凭证核算，能够提供准确税务资料的要求，就需要配置财务人员，或者聘请中介机构代理记账、核算，无疑会增加支出。一些小规模纳税人不愿变为一般纳税人的一个原因。从制度设计上看，一般纳税人实行进项抵扣制度，按照规范的增值税计算方法，即销项税额减去进项税额的方法纳税。应纳税额计算公式：应纳税额=当期销项税额－当期进项税额。一般纳税人涉及较为复杂的销项税额和进项税额的计算，其增值税的基本税率为17%。而小规模纳税人实行按照销售额和征收率计算应纳税额的简易办法，不得抵扣进项税额，目前的征收率为3%。应纳税额计算公式：应纳税额=销售额×征收率。