海淀区疑难处理食品经营许可证申请材料主要包括以下几类：
食品经营许可申请书。这是由食品药品监督管理局提供的标准文本，需按照要求填写相关信息。
营业执照或其他主体资格证明文件复印件。这些证明文件用于确认申请人的主体资格和合法经营权。
与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件。这些文件用以证明申请人具有符合要求的经营设备和设施，并了解食品经营的操作流程。
食品质量安全管理情况的材料。这是一份由申请人根据自身经营情况填写的材料，包括食品安全管理制度、食品安全责任制和相关岗位的操作流程等内容。
食品安全管理人员培训证明资料。这些资料用于证明申请人已经接受过食品安全培训，并具备相应的食品安全知识和管理能力。
食品药品监督管理局要求的其他资料。这些资料可能包括经营场所的产权证明或租赁合同、食品安全培训计划、食品安全应急预案等。
需要注意的是，不同地区对于疑难处理食品经营许可证申请材料的具体要求可能有所不同，具体应以当地食品药品监督管理局的要求为准。在准备所有必要资料之前，建议先咨询食品药品监督管理局或相关机构，以确保准确和全面。