在海淀区申请食品许可证的流程如下：
在海淀区市场监督管理局官网查询需要准备的证件类型，确认办理窗口，并准备相应的资料。
准备申请表。填写正式的食品许可证申请表，包括企业基本信息、经营范围、生产设备等。
准备企业证照。提供企业法人营业执照副本、组织机构代码证、税务登记证等证照复印件。
准备产品信息。提供产品的名称、配方、生产工艺、原辅料等相关信息。
准备生产设施及设备。提供生产场所的房屋租赁合同、平面布局图、环境卫生措施、生产设备清单等。
提供质量管理文件。如HACCP计划、SSOP操作规范等。
将以上材料提交给海淀区市场监督管理局的对应窗口进行申请，并按照工作人员的要求完成后续流程。
需要注意的是，每个窗口的办理时间、地点均不同，请确认后前往。同时，具体的办理流程和所需材料可能因地区和政策的不同而有所差异，建议在申请前详细咨询相关部门或官网查询具体要求。