用户注册。
用户登录后，进入注册页面，点击注册键。根据系统提示填写相关信息并上传相关文件到系统中获取账号密码；或点击页面下方“去重注册”按钮进行注册。如：点击“去重注册”按钮后，系统将提示用户“去重登录”按钮或该键已失效；或者点击“返回到上一步”按钮查看用户账号；或者点击页面下方“密码重置”按钮后出现密码重置页面后继续跳转到下一步（该过程可能需要几秒钟),如密码重置页面显示为“已重置”或“已使用”时则说明用户需重新进行用户身份注册。若未使用该系统或注册失败则需要重新进行用户身份注册。待注册成功后即可登陆系统内相应网站及页面操作流程（该流程通常需要一至两天）。
2、登录。
进入网站后，点击“在线注册”进入注册页面，输入注册信息、用户名和密码，点击“登录”。在进入后，选择所需的企业信息及业务类型，点击“我要办理”——“食品经营许可证”。进入之后，点击“企业信息及业务类型”下面黄色小点进行登录；注册完成后点击“个人用户”——“个人用户注册”——“信息注册”；进入信息注册页面后选择所需业务类型—“食品经营许可证”或者“其他食品经营许可证”；进入查询页面后可以看到自己已经在这里办理了哪些业务及所需材料；如所需材料均未获取到，可以点击右下角蓝色小点按钮进行补充申请。当在“其他食品经营许可证”中发现已注册企业未被成功开通（含在有效期内）时，可点击“重新注册”按钮，重新进行注册和登录。
3、选择食品经营许可事项。
点击“申请”，跳转到食品经营许可事项页面。可根据需要选择食品经营许可事项中的“许可项目”“许可申请材料”等字段，进行选择操作。同时注意检查“许可事项”中表述是否正确。如果有错误，系统将提示修改内容，点击“下一步”跳转至下一步。
4、选择需提交材料。
点击“填写”后，选择需要上传的材料，确认提交。点“提交”后，出现一个页面，展示所有需提交材料。申请表填写完成后，点击“保存”。
5、提交审核。
网上申请受理系统收到申请材料后，对申请材料的真实性、合法性、有效性和法定代表人或者主要负责人签字确认的申请人意见等进行形式审查。对符合条件决定予以批准的，发放食品经营许可证；对不符合条件决定不予批准的，将申请人所申请的食品经营许可证向申请人经营场所所在的食品药品监督管理部门将给出不予许可决定书。未在受理时限内提交审查材料或者对审查内容不符合规定提出异议的；不予受理后书面告知申请人需要补正及说明情况。