高新技术企业认定申请时，企业在准备条件充足之后按以下程序进行申请：
（1）企业进行自我评价。企业在申请高新技术企业认定之前应认真阅读相关文件和认定标准，客观进行自我评价。认为符合认定条件的，则可在“高新技术企业认定管理工作网”上进行企业注册登记。
（2）进行网上注册登记。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，填写注册登记表，将填好的注册登记表发至认定机构。认定机构完成企业身份确认，并将用户名和密码通过网络告知企业。
（3）企业提交认定申请。企业根据自己的用户名和密码进入网上认定管理系统，填写“高新技术企业认定申请书”发至认定机构，并将规定的申请材料提交认定机构。
（4）认定机构必要组织认定。认定机构收到企业完整的申请材料后，组织专家审查，提出认定意见，确定认定企业名单。
（5）公示和颁发认定证书。经认定的高新技术企业，在“高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日。公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的应取消高新技术企业资格；公示无异议的，报领导小组办公室备案，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“高新技术企业证书”