三类医疗器械经营许可证办理指南如下：一、办理三类医疗器械许可证的流程：1、申请人提交申请资料到相关部门；2、相关部门受理申请人的申请；3、到实际场地进行勘察以及对产品进行审核；4、准予颁发三类医疗器械许可证。