真核生物rDNA基因编码核糖体RNA（rRNA），rDNA基因由转录区和非转录区组成，转录区包括5S、5.8S、18S和28S rDNA，分别编码5S、5.8S、18S和28S rRNA，在转录区的各rDNA之间还存在一段内转录间隔区ITS。
ITS（internal transcribed space）序列是真核生物rDNA基因的内转录区域，存在于18S和5.8S rDNA以及5.8S和28S rDNA之间。其长度和序列在不同种属之间具有一定的多态性，是一段既保守又具有特异性的序列。ITS序列能实质的反映出不同种属以及种内各个体间的碱基对差异，利用ITS的序列信息开发遗传标记已被广泛应用于真菌属内不同种间或近似属间的系统发育研究。
18S rDNA基因编码真核生物核糖体小亚基rRNA，是一段进化缓慢而相对保守的序列，在结构上分为保守区和可变区，保守区和可变区分别反映了不同个体间的亲缘关系以及差异性。根据18S rDNA序列开发特异性标记可用于不同种属间亲缘关系分析、物种分类鉴定以及真核微生物的群落结构研究等，是系统发育中种级以上阶元的良好分子标记。
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