16S rDNA指的是编码细菌核糖体小亚基16S rRNA的基因，存在于所有细菌基因组中，长度大约为1540 bp，约占细菌基因组的80%，是细菌基因组中结构和功能的高度保守区，著有“细菌化石”之称，是细菌系统进化与分类研究中Z_U_I重要、Z_U_I常用的分析对象。
16S rDNA除了高度保守区以外还有可变区，高度保守的序列体现了不同物种之间的亲缘关系，可变区序列则能反应物种之间的差异性。随着测序技术的快速发展，目前已经可以快速获取16S rDNA的全长序列。基于保守区的序列设计细菌通用引物，可对不同细菌的亲缘关系进行大致鉴定；检测可变区的序列变异和丰度，可了解物种的多样性。16S rDNA的序列信息在微生物鉴定、分类、系统进化以及环境微生态研究中具有重要意义。
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