合伙人退出合伙企业则有多种方式，包括转让份额、退伙以及合伙企业的清算。
合伙人转让合伙份额的，该份额一般被视为合伙人的权益性财产，因此转让所得应确认为合伙人的财产转让所得予以纳税。操作中，如果在转让时合伙企业还有留存收益尚未向合伙人实际分配，而被转让的份额包含对该部分留存收益的权益时，转让人可能面临同一笔所得的重复征税——留存收益产生当年合伙人缴纳的所得税和财产转让所得缴纳的所得税。转让公司股份不存在这个问题，因为没有分配的留存收益并不会视同股东的收入而交税。
投资者退伙的税收虽无全国范围内的明文规定，但有税务机关采用借鉴企业所得税关于企业清算的规则，按照投资人退伙取得的收入超过出资和未分配留存收益的部分，确认为投资资产转让所得。不过，如果地方税务机关不允许从所得中扣除留存收益，就仍有重复征税的问题。未来有待税务当局对该问题做进一步解释。
合伙企业的清算，则以全部资产的公允价值扣除各项清算费用、损失、负债、以前年度留存的利润后，超过实缴资本的部分作为合伙企业的年度应纳税所得，分配至各合伙人申报纳税。综上，留存收益仅在清算时被明确允许扣除。