申请人隐瞒有关情况或者提供虚假材料的，省、自治区、直辖市（食品）药品监督管理部门或者接受委托的设区的市级（食品）药品监督管理机构对申请不予受理或者不予核发《医疗器械经营企业许可证》，并给予警告。申请人在1年内不得再次申请《医疗器械经营企业许可证》。
申请人以欺骗、贿赂等不正当手段取得《医疗器械经营企业许可证》的，（食品）药品监督管理部门应当撤销其《医疗器械经营企业许可证》，给予警告，并处1万元以上2万元以下罚款。申请人在3年内不得再次申请《医疗器械经营企业许可证》。
办理三类医疗器械经营许可证的办理流程：
1.向食品药品监督管理局提交医疗器械经营许可证申请材料；
2.食品药品监督管理局数据形式审查；
3.数据正式受理；
4.有关部门的行政审查；
5.现场评价；
6.有关部门的行政决定；
7.制证、发证。