果醋一般采用水果经发酵工艺而酿造，分为全果发酵、果汁液态发酵等方式，过滤设备的选择搭配均不相同，但果醋的澄清过滤大体分为以下几步：
第一步、除大颗粒或泥状果肉残渣，实现果醋发酵液的初步固液分离；
第二步、初分的滤液中仍然含有部分细小悬浮物、微粒子，需微滤；
第三步、微滤液在采用精滤或膜超滤设备，实现果醋的澄清过滤。
传统第一步过滤多选择板框粗滤进行固液分离，板框一次性投入低，但操作繁琐，滤布等耗材更换量大，且除杂效果对于某些高固含量的果醋全果发酵液分离不够理想。板框后接滤芯或硅藻土等过滤，一次性投入本都虽低，滤芯耗材量大，按照产能综合算下来，投入也不算低，硅藻土由于孔径分布不均匀，对果醋中的香气、有效组分进行吸附，对果酒口感影响较大，且容易掉土，污染产品。部分经过硅藻土过滤后果醋只能临时性的澄清，在温度及电荷的影响下，未除去的大分子杂质会团聚析出，即返浑沉淀，导致产品货架期短，严重影响市场销售。
对于产能较小、物料性状较好的物料，选择板框、自然沉降、滤芯等处理也具有很好的优势，但这些只能作为前处理过滤，为保证过滤的稳定性及较长的货架期，需采用先进膜分离超滤技术，即果醋澄清膜过滤系统在分子级对果醋中溶解性的果胶、杂蛋白、酵母自溶物等进行高精度过滤，有效透过果醋营养组分的截留除去上述大分子杂质。膜超滤设备一次性投入成本较传统过滤设备投入高，但若操作维护到位，按照产能、人工投入等综合评估，投入成本与传统过滤设备投入也相差不大。
典型应用：桑葚醋、苹果醋、柿子醋、刺梨醋、山楂醋、枣醋、木瓜醋、蓝莓醋、蒜醋等果汁类发酵醋。