在“自下而上”的蛋白质质谱分析策略中，质谱仪通过检测蛋白质酶解消化产生的蛋白肽段而实现完整蛋白质的鉴定分析。在这种“自下而上”质谱分析策略中，需要先将蛋白质进行酶解使其分解为小分子肽段，常用的蛋白质酶主要包括胰蛋白酶（Trypsin）、糜蛋白酶（Chymotrypsin）、天冬氨酸蛋白酶（Asp-N）、谷氨酸蛋白酶（Glu-C）和赖氨酸蛋白酶（Lys-C、Lys-N）等。在蛋白质序列质谱分析中，通常会选择多种蛋白质酶进行多重酶切，以提高蛋白肽段的覆盖率，有利于将蛋白肽段拼接成完整的蛋白质。
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百泰派克生物科技-生物药物表征，生物质谱多组学优质服务商
北京百泰派克生物科技有限公司（Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd. 简称BTP）从事以生物质谱为依托的生物药物表征，大分子物质（包括蛋白质、多肽、代谢物）质谱分析以及小分子物质检测服务。
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